Tem Diferentes modos de se usar esse sistema, vo postar o que eu usa-va 
Código PHP:
/*
INCLUDES By : Lucas M.
*/
$local="pages_"; # Aonde se localiza as paginas
$principal="home.php"; # Pagina Inicial
$erro="404.php"; # Pagina Erro
Agora vamos fazer os includes 
Código PHP:
<?php
if(file_exists("$local/$ir.php")){
include("$local/$ir.php");
}
else if($ir == index || $ir == home || $ir == ''){
include("$local/$principal");
}
else{
include("$local/$erro");
}
Agora que os includes estão prontos vamos explicar :
As paginas devem se localizar na pasta $local="pages_" , sendo que a principal ( meio ) deve ser chamada de $principal="home.php" e quando não for achadas devem se redirecionar para a pagina $erro="404.php" .
Links :
Agora podemos fazer o seu site puxar as paginas da seguinte maneira 
[Somente usuários registrados podem vem os links. ]
o ir é do
else if($ir == index || $ir == home || $ir == ''){
include("$local/$principal");
}
PS : As paginas devem estar dentro de onde se configuro o $local="pages_"
Creditos : Lucas M.