@rodrigopf elas ficam exatamente como estão: separadas.
De forma bem "simples" pra vc entender, o frontend é a parte "externa", que contém o template html/css/js da ChaosMachine, já o backend é a parte "interna" dela, feita em PHP, que processa as requisições e dá um retorno que será usado pelo frontend.
São coisas distintas e devem ser mantidas de forma separada.
Quanto ao erro que informou, basta instalar o Microsoft SQL Server 2012 Native Client.