Se tu ainda não pensou nesses detalhes, sugiro que comece a fazer o planejamento estrutural da web antes de começar a programar.
Faça primeiro a estrutura de pastas e pense na "forma" como toda a estrutura vai funcionar, bem como os métodos e hierarquia das requisições e os meios de tratamento e exibição de erros.
Um projeto começado de forma errada pode te foder lá na frente.
Eu, particularmente, gosto de deixar bem organizado.
Vou fazer uma estruturação de pastas aqui e postar pra ti, apenas como sugestão.
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update 1.
Aqui está o link com um arquivo de pastas estruturadas da forma como gosto de usar, apenas como sugestão. Se gostar e quiser usar, sinta-se a vontade. :)
Coloquei arquivos de "info" explicando o que cada diretório deve conter. Está bem simples.
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