Você não usou as "rows" do bootstrap.
Faz assim:

<div class="row">
Conteúdo do seu header.
</div>
<div class="row">
Conteúdo do seu carousel.
</div>

Se mesmo assim continuar, coloque a propriedade overflow: hidden; na row.
E retira a chamada do .map do bootstrap que não precisa dele e nem do bootstrap.css, só precisa chamar o bootstrap.min.css na verdade.
E como o Little disse, deixa o seu .css por último.